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사업을 하다 보면 상품이나 서비스를 판매해서 매출이 발생하는 것만큼이나 다양한 수수료가 발생합니다. 사업용 계좌에서 송금할 때 발생하는 이체수수료, 온라인 쇼핑몰에서 결제를 받을 때 발생하는 결제대행 수수료, 플랫폼을 통해 판매하면서 공제되는 정산 수수료 등이 대표적입니다.
이런 비용은 건별 금액이 크지 않은 경우가 많아 장부 작성 과정에서 쉽게 지나치기 쉽습니다. 하지만 거래 건수가 많아지면 매월 반복적으로 발생하고, 매출 정산 과정에서 자동으로 차감되는 경우에는 실제 지출 사실을 놓치기도 합니다.
특히 온라인 사업자는 고객이 결제한 금액과 실제 사업자 계좌로 입금되는 금액이 다를 수 있습니다. 이 차이를 단순히 매출 차이로 생각하지 않고 총 매출과 수수료를 구분해서 관리하는 습관이 중요합니다.
이번 글에서는 은행 수수료부터 PG 수수료, 플랫폼 정산 수수료까지 사업자가 실무적으로 확인해야 할 부분을 정리해 보겠습니다.
1. 사업 과정에서 발생하는 수수료는 어떤 것이 있을까
개인사업자에게 발생하는 수수료는 생각보다 종류가 다양합니다.
대표적으로 다음과 같은 항목이 있습니다.
- 사업용 계좌 이체수수료
- 타행 송금수수료
- 해외 거래 관련 송금수수료
- 온라인 결제대행(PG) 수수료
- 카드 결제 관련 수수료
- 쇼핑몰 플랫폼 정산 수수료
- 오픈마켓 판매 수수료
- 예약·중개 플랫폼 수수료
- 전자결제 관련 서비스 이용료
- 사업 관련 금융거래 수수료
모든 수수료가 같은 방식으로 기록되는 것은 아닙니다.
중요한 것은 어떤 거래를 위해 발생한 수수료인지를 확인하는 것입니다.
예를 들어 거래처에 사업용 물품 대금을 송금하면서 발생한 수수료와 온라인 판매 과정에서 매출에서 차감되는 결제대행 수수료는 발생 구조가 다릅니다.
장부에서는 실제 거래의 성격에 맞춰 일관성 있게 관리하는 것이 좋습니다.
2. 은행 이체수수료는 어떻게 관리할까
사업용 계좌를 사용하다 보면 송금이나 이체 과정에서 수수료가 발생할 수 있습니다.
예를 들어 거래처에 물품 대금을 지급하거나 외주비를 송금하는 과정에서 별도의 수수료가 출금되는 경우입니다.
이런 비용은 사업과 관련된 금융거래에서 발생한 것인지 확인한 뒤 장부에 반영할 수 있습니다.
실무적으로는 은행 거래내역을 정기적으로 확인하면서 수수료 항목을 별도로 체크하는 것이 편합니다.
통장에서 두 금액이 빠져나가는 경우
예를 들어 거래처에 일정 금액을 송금했는데 통장에서는 송금액과 수수료가 각각 표시될 수 있습니다.
이때 실제 사업 지출과 금융거래 수수료를 구분해 확인하면 장부를 정리하기 쉽습니다.
중요한 것은 통장 잔액의 감소액만 보고 하나의 비용으로 기록하지 않는 것입니다.
거래내역에 표시된 송금액과 수수료를 확인하고 실제 거래 목적에 맞춰 기록하는 것이 좋습니다.
3. PG 수수료는 매출과 함께 확인해야 한다
온라인 쇼핑몰이나 예약 서비스, 디지털 서비스 등을 운영하면 결제대행업체를 이용하는 경우가 있습니다.
고객이 결제한 금액에서 PG 수수료가 차감된 뒤 사업자 계좌로 실제 정산금액이 입금되는 구조입니다.
이때 가장 중요한 부분은 고객이 결제한 총액과 사업자에게 실제 입금된 금액을 구분하는 것입니다.
예를 들어 고객의 결제금액이 있고 일정 금액의 결제 관련 수수료가 차감된 후 나머지가 사업자 계좌에 입금됐다고 가정해 보겠습니다.
통장에 들어온 금액만 보고 이를 매출로 기록하면 실제 매출과 수수료가 뒤섞일 수 있습니다.
따라서 정산서를 기준으로 다음과 같은 흐름을 확인하는 것이 좋습니다.
고객 결제금액 → 결제 관련 차감액 → 실제 정산금액
이 세 가지를 연결해 보면 매출과 수수료의 관계를 이해하기 쉽습니다.
정산서가 중요한 이유
PG사나 플랫폼에서 제공하는 정산자료에는 보통 거래기간, 결제금액, 수수료, 환불·취소 내역, 최종 정산금액 등이 구분되어 표시될 수 있습니다.
사업자는 해당 자료를 다운로드해 월별로 보관하는 것이 좋습니다.
특히 거래량이 많은 온라인 사업자는 카드 승인내역과 통장 입금액만 비교하기보다 플랫폼 또는 PG사의 정산자료를 함께 확인하는 것이 효율적입니다.
4. 플랫폼 판매 수수료도 매출과 분리해서 살펴보자
온라인 플랫폼을 통해 상품이나 서비스를 판매하는 사업자는 플랫폼에서 일정 수수료를 공제한 후 정산받는 경우가 있습니다.
이때도 통장에 실제 들어온 금액만 확인하면 매출 규모를 정확하게 파악하기 어려울 수 있습니다.
예를 들어 고객 결제금액과 플랫폼 수수료, 기타 차감항목, 최종 정산금액이 각각 존재한다면 각각의 내역을 확인해야 합니다.
특히 다음 항목을 구분하는 습관이 중요합니다.
- 고객이 결제한 금액
- 플랫폼 판매 수수료
- 결제 관련 수수료
- 광고비 등 별도 차감액
- 환불·취소 금액
- 최종 정산금액
각 항목이 모두 같은 비용의 성격을 갖는 것은 아니므로 정산서에 표시된 내용을 기준으로 구분하는 것이 좋습니다.
5. 매출과 수수료를 상계해서 기록할 때 주의할 점
온라인 사업자에게 흔히 발생하는 실수가 매출에서 수수료를 뺀 금액만 매출로 생각하는 것입니다.
예를 들어 고객이 결제한 금액에서 플랫폼 수수료가 차감된 후 나머지만 입금됐다고 해서 실제 매출도 입금액과 같다고 단순하게 생각해서는 안 됩니다.
장부를 작성할 때는 거래의 실질과 정산자료를 확인해 매출과 수수료를 적절히 구분하는 것이 중요합니다.
이 원칙은 플랫폼 판매뿐 아니라 PG사를 통한 온라인 결제에도 적용할 수 있습니다.
왜 통장 입금액만 보면 안 될까
통장은 최종적으로 얼마가 들어왔는지를 보여줍니다.
반면 정산서는 그 금액이 어떻게 계산됐는지를 보여주는 자료입니다.
따라서 온라인 사업자의 장부를 관리할 때는 다음 세 자료를 연결하면 좋습니다.
판매자료 + 정산자료 + 통장 입금내역
이 세 가지가 서로 맞는지 확인하면 매출 누락이나 수수료 누락을 찾기가 훨씬 수월해집니다.
6. 부가가치세에서는 수수료와 매출을 별도로 생각해야 한다
수수료 관리에서 또 하나 주의할 부분은 부가가치세입니다.
사업 관련 비용으로 수수료를 관리하는 것과 해당 수수료에 포함된 부가가치세를 매입세액으로 공제할 수 있는지는 별개의 문제입니다.
결제대행사나 플랫폼에서 제공하는 정산자료에는 수수료와 관련된 세부 정보가 표시될 수 있으므로 해당 자료를 확인하는 것이 좋습니다.
특히 플랫폼을 여러 곳 이용하는 사업자라면 각 플랫폼의 정산 방식이 다를 수 있습니다.
어떤 곳은 수수료를 별도로 표시하고, 어떤 곳은 여러 항목을 묶어 정산할 수도 있습니다.
따라서 단순히 통장에 입금된 금액만 보고 부가가치세를 계산하기보다는 해당 거래의 증빙과 정산자료를 함께 확인하는 것이 좋습니다.
7. 해외 플랫폼 수수료는 더욱 꼼꼼하게 자료를 보관하자
온라인 사업자는 해외 서비스나 플랫폼을 이용하는 경우도 있습니다.
예를 들어 해외에서 제공하는 온라인 플랫폼, 결제서비스, 광고·판매 서비스 등에 비용을 지급할 수 있습니다.
이런 거래는 원화로 국내 업체에 결제하는 거래와 자료 형태가 다를 수 있습니다.
따라서 다음과 같은 자료를 가능한 한 함께 보관하는 것이 좋습니다.
- 서비스 이용약관 또는 계약자료
- 결제 영수증
- 청구서
- 결제일과 결제금액
- 외화 결제내역
- 카드 명세서
- 플랫폼 정산자료
- 해당 거래의 사업 목적을 확인할 수 있는 자료
해외 거래는 세금계산서 등 국내 거래와 동일한 증빙 형태가 나오지 않을 수 있기 때문에 거래 자체를 설명할 수 있는 자료를 체계적으로 보관하는 것이 중요합니다.
해외 거래의 세무 처리는 거래 구조와 상대방, 서비스 종류 등에 따라 달라질 수 있으므로 구체적인 신고 단계에서는 별도 확인이 필요합니다.
8. 수수료 자료는 월별 정산표로 관리하면 편하다
수수료가 여러 곳에서 발생한다면 하나의 관리표를 만들어두는 방법이 좋습니다.
예를 들어 다음과 같이 작성할 수 있습니다.
날짜거래처거래 내용총 거래금액수수료실제 정산액증빙
| 5일 | PG사 A | 온라인 결제 | 금액 기록 | 금액 기록 | 금액 기록 | 정산서 |
| 10일 | 플랫폼 B | 상품 판매 | 금액 기록 | 금액 기록 | 금액 기록 | 정산자료 |
| 15일 | 은행 | 사업대금 송금 | 금액 기록 | 금액 기록 | - | 거래내역 |
| 20일 | 플랫폼 C | 서비스 판매 | 금액 기록 | 금액 기록 | 금액 기록 | 정산서 |
금액은 실제 정산자료를 기준으로 기록하면 됩니다.
특히 온라인 사업자는 총 판매액과 실제 입금액의 차이를 설명할 수 있도록 관리하는 것이 중요합니다.
9. 카드 결제 수수료와 고객 결제금액을 혼동하지 않기
오프라인 매장을 운영하거나 카드 결제를 받는 사업자 역시 비슷한 문제가 생길 수 있습니다.
고객이 카드로 결제한 금액과 사업자 계좌로 최종 입금되는 금액 사이에 차이가 발생할 수 있기 때문입니다.
이때 계좌에 들어온 금액만 보고 매출을 기록하면 정산 과정에서 발생한 차이를 설명하기 어려울 수 있습니다.
따라서 카드 매출자료와 입금내역을 함께 확인하는 것이 좋습니다.
월말에는 다음과 같은 순서로 점검할 수 있습니다.
카드 매출자료 확인 → 수수료 및 차감내역 확인 → 실제 입금액 확인
이 과정을 반복하면 매출과 수수료가 뒤섞이는 문제를 줄이는 데 도움이 됩니다.
10. 수수료 비용처리에서 자주 하는 실수
① 통장 입금액만 매출로 기록하는 경우
온라인 사업에서 가장 흔하게 발생할 수 있는 문제입니다.
정산 전 총 거래금액과 수수료, 실제 입금액을 함께 확인하는 것이 좋습니다.
② 플랫폼 수수료를 매출에서 그냥 빼버리는 경우
매출과 비용은 거래의 성격을 확인해 적절히 구분해야 합니다.
단순히 '입금된 금액 = 매출'이라고 생각하지 않는 것이 중요합니다.
③ 정산서를 보관하지 않는 경우
통장내역만으로는 어떤 금액이 수수료로 차감됐는지 확인하기 어려울 수 있습니다.
플랫폼과 PG사의 월별 정산자료를 다운로드해 보관하는 것이 좋습니다.
④ 여러 플랫폼의 수수료를 한꺼번에 기록하는 경우
플랫폼마다 정산 기준과 수수료 구조가 다를 수 있습니다.
거래처별 정산자료를 보관하면 나중에 특정 금액을 추적하기 쉽습니다.
⑤ 부가가치세 공제를 자동으로 적용하는 경우
수수료가 사업 관련 비용이라는 것과 해당 금액에 포함된 부가가치세의 매입세액 공제 여부는 별개입니다.
증빙과 거래 형태를 함께 확인해야 합니다.
11. 월말 수수료 관리 체크리스트
장부를 정리할 때 다음 항목을 확인해 보세요.
- 사업용 계좌의 이체수수료를 확인했는가?
- 타행 송금수수료가 누락되지 않았는가?
- 카드 매출 관련 정산자료를 확인했는가?
- PG사 정산서를 다운로드했는가?
- 플랫폼별 판매 수수료를 확인했는가?
- 총 판매금액과 실제 입금액을 비교했는가?
- 환불·취소 금액이 포함되어 있는지 확인했는가?
- 광고비 등 다른 차감항목과 수수료를 구분했는가?
- 해외 플랫폼 수수료 관련 자료를 보관했는가?
- 관련 증빙과 통장 입금내역을 연결했는가?
- 부가가치세 매입세액 공제 여부를 별도로 확인했는가?
이 작업을 매월 반복하면 종합소득세 신고 전에 수수료 내역을 한꺼번에 복원하는 일을 줄일 수 있습니다.
마무리
사업자의 수수료는 금액이 작아 보여도 거래가 반복되면 장부에서 무시하기 어려운 항목이 됩니다.
특히 온라인 사업자는 고객이 결제한 금액과 실제 통장에 입금된 금액이 다를 수 있기 때문에 총 거래금액, 수수료, 실제 정산금액을 연결해서 관리하는 습관이 중요합니다.
은행 이체수수료는 통장 거래내역을 통해 확인하고, PG사나 플랫폼 수수료는 정산서를 함께 보관하면 자료를 추적하기 편합니다.
또한 수수료를 비용으로 관리하는 것과 해당 수수료의 부가가치세를 매입세액으로 공제하는 것은 별개의 문제이므로 신고 과정에서 구분해서 확인해야 합니다.
결국 수수료 관리의 핵심은 복잡한 회계기술보다 정산자료와 실제 입금액을 연결하고, 매출과 비용의 성격을 혼동하지 않는 것입니다.
2026년 장부를 정리한다면 현재 이용하고 있는 은행, PG사, 오픈마켓, 예약 플랫폼 등을 먼저 목록으로 만들고 각각의 월별 정산자료가 제대로 보관되고 있는지 점검해 보세요.
※ 세법상 필요경비 및 부가가치세 관련 처리는 사업자 유형과 거래 구조, 증빙 형태에 따라 달라질 수 있습니다. 실제 신고 시에는 해당 연도의 국세청 안내와 거래별 증빙을 기준으로 확인하는 것이 좋습니다.
FAQ:
Q1. PG 수수료를 매출에서 빼고 실제 입금액만 매출로 기록해도 되나요?
온라인 결제에서는 고객이 결제한 금액과 실제 정산액이 다를 수 있으므로 통장 입금액만 보고 매출을 판단하지 않는 것이 좋습니다. PG사의 정산자료를 확인해 총 거래금액과 수수료, 실제 입금액을 구분해서 관리해야 합니다.
Q2. 은행에서 빠져나간 이체수수료도 사업 비용으로 관리할 수 있나요?
사업과 관련된 송금 과정에서 발생한 수수료라면 비용 해당 여부를 검토할 수 있습니다. 거래내역과 송금 목적을 확인할 수 있도록 은행 거래자료를 함께 보관하는 것이 좋습니다.
Q3. 플랫폼에서 차감한 판매 수수료에 대한 증빙은 무엇을 보관해야 하나요?
플랫폼에서 제공하는 월별 정산서나 거래내역, 수수료 관련 청구자료 등을 보관하는 것이 좋습니다. 실제 입금된 금액과 정산자료를 함께 보관하면 수수료가 어떻게 계산됐는지 확인하기 편합니다.